در تاریخ روابط ایرانیان با سایر ملل، روابط با مردم اندونزی بویژه ارتباطات فرهنگی، همواره از اهمیت و جایگاه ویژه ای برخوردار بوده است. برای فهم و درک بهتر این موضوع کافی است نگاهی هرچند کوتاه وگذرا داشته باشیم به برخی از جنبه‌های تاریخی و فرهنگی مناسبات دو کشور. تاریخ دوره اسلامی اندونزی و دیگر نواحی مجمع الجزایر ملایو به ما یادآور می‌شود که مبلغین و بازرگانان ایرانی بویژه پس از شکل گیری دولت های اسلامی در این منطقه تردد بسیار داشته و در ترویج و گسترش اسلام در آن سهم داشته اند. سنگ قبر مربوط به ملک ابراهیم (متوفی 822 هجری قمری ) در قریه گریسیک و همچنین مزار حسین خیر بن امیر علی استرآبادی (متوفی 733 هجری قمری ) و مزار حسین فارسی (متوفی 822 هجری قمری ) در سوماترا و جاوه، از مستندات تاریخی مربوط به صحت این ادعاست. ابن بطوطه که در سال 1345 و 46 میلادی از جزیره سوماترا دیدن کرده بود از حضور برخی صاحب منصبان ایرانی بنام بهروز ، قاضی شرف الدین امیرسید شیرازی و تاج الدین اصفهانی و برخی دیگر یاد می نماید. سلطان علاء الدین شاه پادشاه مقتدر ملاکا تحت تاثیر مشاوران و علماء ایرانی خود قرارداشت. فرهنگ های سیاسی دربارهای ایرانی شده و مسلمانان در هند توانستند سنت های خوشایندی را برای همتایان مسلمان خود در اندونزی و کشورهای ملایو زبان منطقه به ارمغان آورند. نظام اداری، القاب و سبک لباس، معماری کاخها و باغهای سلاطین مسلمان ایرانی در کنار ویژگی‌هایی از تصوف و عرفان ایرانی اسلامی، دوجنبه اساسی و جذاب فرهنگ و تمدن ایرانی اسلامی‌بودند که در دربار اشراف و سلاطین آچه و سایر مناطق اندونزی رواج یافته بود. وجه دیگر نفوذ فرهنگ ایرانی، تاثیر ماندگار زبان وادب فارسی در فرهنگ وادب ملایو است. زبان فارسی که علاوه بر انتقال مستقیم آن توسط ایرانیان مهاجر از طریق بازرگانان و مهاجرین مسلمان هندی نیز ترویج یافته بود بگونه ای بوده است که بر روی سنگ قبر برخی از مسلمانان سوماترا غزلیات و اشعار شعرای بزرگ ایران همانند سعدی نقش بسته است. نکته قابل توجه اینکه امروزه قریب به 400 واژه دخیل فارسی در زبان ملایو وجود دارد. واژه‌هایی همانند آفتاب، انگور، بابا، بلبل، بندر، گندم، مناره، خرما، تخت، ترازو، کوچک و غیره. در حوزه‌های عرفانی و فلسفی نیز می‌توان بخوبی تاثیر اندیشه‌های عرفانی و فلسفی اندیشمندان ایرانی را در آثار کلاسیک ادبی و عرفانی ملایو بویژه آثار مربوط به قرن 17 میلادی همچون شراب العاشقین و اسرار العارفین مشاهده کرد.
این عناصر و میراث فرهنگی و تاریخی مشترک همواره مبنا و فرصت مناسبی بوده است جهت توسعه و تحکیم هرچه بیشتر روابط میان دو حوزه فرهنگی و تمدنی جهان اسلام یعنی حوزه ایرانی وحوزه ملایو، بویژه دو کشور ایران واندونزی به عنوان مرکز و پایگاه اصلی این دو حوزه فرهنگی وتمدنی
روابط معاصر فرهنگی دوجانبه
اندونزی پرجمعیت‌ترین کشور اسلامی است. جمعیت آن 270 میلیون نفر است و 87 درصد این جمعیت را مسلمانان تشکیل می‌دهند. اشتراک فرهنگی ایران با این کشور از منظر دینی و البته کتاب واحد (قرآن)، پیامبر عظیم‌الشأن و هویت مسلمانی و از نظر زبانی پتانسیلی قابل تأمل است. بر این اساس، دیپلماسی نرم یا همان دیپلماسی فرهنگی میان دو کشور برای گسترش دارای پتانسیل بسیار بالایی می‌باشد.
در سفر آیت‌الله رئیسی، رییس جمهور محترم جمهوری اسلامی ایران به اندونزی در تاریخ 23 و 24 می 2023 برنامه مبادلات فرهنگی ایران و اندونزی، یکی از مهمترین اسناد فرهنگی میان دو کشور امضا گردید. در این راستا، زمینه همکاری‌های مختلف فرهنگی در حوزه‌های زیر قابلیت اجرا دارد:
همکاری در زمینه‌های علمی ـ دانشگاهی، برگزاری نمایشگاه‌های مختلف فرهنگی، اقتصاد فرهنگ، برند حلال، کتاب و غیره ، گسترش دیپلماسی فرهنگی (برگزاری کنفرانس‌ها و همایش‌های مختلف)، هفته‌های فرهنگی میان دو کشور، هفته فیلم و نمایش فیلم‌های دو کشور، تبادل هیئات علمی ـ دانشگاهی، بورسیه‌های دانشجویی دو طرف، حضور فعال استارت‌آپ‌های دو کشور در بخش‌های مختلف، تولید فیلم مشترک دو کشور و بسیاری از برنامه‌های متنوع فرهنگی دیگر بخش‌هایی از این برنامه مهم فرهنگی است.
زبان فارسی نیز به‌عنوان یکی از ابزارهای مهم انتقال فرهنگ و معرفی ایران استفاده می‌شود که اندونزی نیز از این قاعده مستثنی نیست و خوشبختانه با توجه به پیشینه ارتباط میان دو کشور و وجود 400 کلمه از زبان فارسی در زبان ملایو، این مهم تسهیل می‌گردد. بر همین اساس برای تقویت این امتیاز هم‌اکنون در هفت دانشگاه برتر اندونزی آموزش زبان فارسی به اساتید و دانشجویان درحال اجراست، همچنین اتاق‌های ایران در این هفت دانشگاه نیز، وظیفه معرفی ایران امروز را دارند.
دیپلماسی قرآنی نیز از ابزارهای مهم و اثرگذار در کشور اندونزی است. در سال 1401 برخی از چهره‌های بین‌المللی قرآنی کشورمان در اندونزی حضور پیدا کردند و در استان‌های مختلف این کشور در راستای انتقال ظرفیت‌های جمهوری اسلامی ایران و دستاورد‌های قرآنی به کشور اندونزی به تلاوت قرآن پرداختند. در سال جاری نیز، قاریان قرآن جمهوری اسلامی‌با حضور در مسابقات بین المللی قرآن کریم در اندونزی مقام نخست را کسب نمودند.
حضور قاریان اندونزیایی در سال 1402 در چهلمین جشنواره بین المللی قرآن کریم در جمهوری اسلامی ایران نیز نشان از دیپلماسی قرآنی میان دو کشور در راستای افزایش تعاملات فرهنگی می‌باشد.